Fundación Vilcabamba es la fundación holandesa que ha venido apoyando a los proyectos de CEDNA desde el inicio. La Fundación fue creada el 6 de mayo de 2003 con el objetivo de recaudar fondos para proyectos de desarrollo dirigidos a niños y niñas desnutridos/as y la independencia económica de los adultos en Cusco, Perú. La motivación de los fundadores de Vilcabamba, Paula Boots, Jos Staats y Tiny Klever, fue para ayudar a las personas, en particular niños/as, con menos oportunidades. Los fundadores principales de la fundación Vilcabamba formaron parte de la directiva hasta el año 2006, tras el cual el consejo directivo cambió y ahora está conformado por: Wencke Verhoeff, Jan Hesseling, Cees Hesseling e Ingeborg Ahlers.
La cooperación entre CEDNA y Vilcabamba funciona muy bien porque hay una gran cantidad de comunicación. En los informes trimestrales y anuales, CEDNA proporciona a Vilcabamba con una comprensión clara de las actividades llevadas a cabo por CEDNA en Perú. Sobre esta base, si es necesario, los proyectos pueden adaptarse y las nuevas iniciativas se pueden identificar, para garantizar que las actividades siempre se llevan a cabo en la forma más adecuada posible.